Chan Kong Choy dilahirkan di Bentong, Pahang pada 17 Mei 1955. Beliau memulakan alam persekolahan pada tahun 1962 di Sekolah Rendah Jenis Kebangsaan Khai Mun Pagi, Bentong. Selepas menamatkan pengajian di Sekolah Menengah Sulaiman di Bentong, beliau mengikuti Pengajian Tiong Hua di Universiti Malaya dan dianugerahkan Ijazah Sarjana Muda dengan kepujian pada 1979.

Y.Bhg. Tan Sri Chan Kong Choy memulakan karier sebagai Pensyarah di Universiti Putra Malaysia pada tahun 1980. Beliau kemudian diberi kepercayaan sebagai Setiausaha Politik Menteri Perumahan dan Kerajaan Tempatan, menggantikan mendiang Dato' Chan Sing Sun pada tahun 1986. Bermula dari situ, kerjaya politik beliau terus bergemerlapan dan seterusnya dicalonkan bertanding di kerusi Dewan Undangan Negeri Tanah Rata pada tahun 1986. Beliau menang kerusi berkenaan dan dilantik sebagai Ahli Majlis Mesyuarat Kerajaan Negeri Pahang.